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Nel 1606 a reggere la parrocchia giungono i Chierici Regolari Somaschi, chiamati da Ercole Sanbonifacio che affida loro il compito di istituire un collegio per l'educazione dei giovani. Sono appunto i Somaschi che decidono la riedificazione della chiesa di S. Croce ormai cadente e inadatta alle loro esigenze nonché al loro prestigio.  L'incarico viene affidato al confratello Francesco Vecelli (1695 - 1759) [vedi lapide in sacrestia] Preposito Generale, architetto e letterato insigne e personaggio di spicco nella vita culturale della città di Padova. Il Vecelli progettò e portò a termine la riedificazione della chiesa che resta la sua opera maggiore [altre opere si trovano a Milano, a Treviso] . Unico esempio decisamente rococò in Padova, la prima pietra fu posta il 31 luglio 1737 e venne consacrata il 9 giugno 1749 dal Cardinale Carlo Rezzonico. Nel 1810, 25 aprile, il decreto napoleonico vede i Somaschi espulsi da Padova e la chiesa affidata al Clero Secolare.